Научно-методическая конференция
«ИНТЕРНЕТ И СОВРЕМЕННОЕ ОБЩЕСТВО»

ЭЛЕКТРОННАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ - НОВАЯ ФУНКЦИЯ ИНТЕРНЕТ-СИСТЕМЫ PASS

А.В. Садым, А.А. Лагунин, Д.А. Филимонов, В.В. Поройков

НИИ биомедицинской химии РАМН им. В.Н. Ореховича
Москва

Нами создана Интернет-система прогноза спектра биологической активности ХС, ядром которой служит программа PASS, которая с достаточно высокой точностью оценивает вероятность проявления веществом различных видов биологической активности [1]. Прогноз осуществляется по структурной формуле химического соединения (ХС) и основан на анализе базы знаний, включающей данные о взаимосвязях «структура-активность». Версия программы 1.603 (апрель 2002 года) прогнозирует 783 вида биологической активности на основе анализа взаимосвязей «структура-активность» для обучающей выборки, содержащей 48466 веществ.

Созданная Интернет-система PASS позволяет любому заинтересованному пользователю зайти на сайт http://www.ibmh.msk.su/pass, зарегистрироваться и выполнить прогноз спектра биологической активности для интересующего его ХС. Структуры в Интернет-системе пользователь может ввести либо в Java апплете (разработанным компанией ChemAxon Ltd., http://www.chemaxon.com/marvin) либо ввести *.mol файл, формат которого должен соответствовать формату ISIS 2.0+ [2].

На сайте также представлено описание программы PASS, а также разделы, посвященные понятию «спектр биологической активности» и его оценка, описанию основных элементов PASS и примеров её использования, ссылки на статьи, в которых применялся прогноз PASS и список публикаций о PASS, некоторые из которых приведены в полнотекстовом виде.

Чтобы пользователи могли задать интересующие их вопросы и обсудить различные проблемы, связанные с компьютерным прогнозированием и экспериментальным тестированием биологической активности химических соединений нами была создана электронная конференция http://www.ibmh.msk.su/pass/conference. В ней пользователь может сам создавать тему для обсуждения, задавать вопросы, отвечать на вопросы других пользователей и обмениваться с ними опытом.

Когда пользователь заходит на сайт электронной конференции, инициализируется его уникальная сессия, идентификатор которой передается серверу вместе с каждым запросом пользователя, на основе чего сервер отличает пользователей. При создании сообщения, осуществляется проверка, идентифицировал ли себя пользователь. Если нет, то пользователю предлагается альтернатива:

1. Ввести логин и пароль, который он использует для выполнения прогноза в Интернет-системе. В этом случае при создании сообщения в поле «От» и в поле «E mail» будут соответственно имя пользователя и адрес его электронной почты, которые он указывал во время регистрации в Интернет-системе.

2. Войти как анонимный пользователь. В этом случае поле «От» и поле «E mail» по умолчанию не будут заполнены.

Если пользователь отвечает на сообщение, то по умолчанию поле «Тема» будет содержать название темы, состоящей из «Re» и названия темы исходного сообщения. Например, если пользователь отвечает на вопрос «Какова точность прогноза», то темой ответа на это сообщение будет «Re: Какова точность прогноза». Если пользователь не заполнил поле «Тема», то ему будет предложено вернуться, чтобы заполнить это поле.

Пользователь заполняет все предусмотренные в конференции поля. При этом данные, которые он указывает в поле «От» и в поле «E mail» являются параметрами сессии, которые хранятся на всем её протяжении, и поэтому пользователю не приходится вводить или менять их постоянно.

После того, как пользователь ответил на сообщение или добавил новое, автоматически происходит обновление списка сообщений.

Электронная конференция разработана на языке PHP с использованием JavaScript, база данных сообщений реализована в СУБД MySql.

Электронная конференция является частью Интернет-системы «PASS» и поэтому основными темами для обсуждения будут темы, затрагивающие прогноз и экспериментальное тестирование биологической активности. Наряду с этим планируется проведение обсуждений по различным темам в области биомедицинской химии, связанных с поиском и разработкой новых биологически активных веществ.

ЛИТЕРАТУРА

1. Poroikov V., Filimonov D. Computer-aided prediction of biological activity spectra. Application for finding and optimization of new leads // Rational Approaches to Drug Design, Eds. H.-D. Holtje, W.Sippl, Prous Science, Barcelona, 2001. P.403-407.

2. CTfile Formats. MDL (http://www.mdl.com/downloads/literature/ctfile.pdf).

[Аннотация на английском языке]